Der Neuburger ist ein „zweischneidiges Schwert“. Einerseits liefert er ausgezeichnete Weinqualität, andererseits ist er weniger robust als der Grüne Veltliner. Dies, und die Tatsache, dass er weniger offensiv vermarktet wird, sorgen dafür, dass die Rebfläche des Neuburger zurück geht. Die Krankheit, die ihn für Winzer zu einem Risiko macht heißt  Kurztriebigkeit. Die Stöcke werden dadurch geschwächt und können absterben. Gerade beim Neuburger ist das schade, wäre er doch ein Rebstock mit starkem Triebwachstum und somit prädestiniert für trockene, karge Standorte. Auf tiefgründigen Böden neigt der Neuburger zum Verrieseln. Oidium und Peronospora können ihm wenig anhaben, dafür liebt ihn die Botrytis umso mehr. Dem kompakten Traubenmaterial sei dieser Nachteil gedankt.